Підготовка клінічних ординаторів здійснюється на умовах контракту за спеціальностями: акушерство і гінекологія, анестезіологія, терапія, дерматовенерологія, загальна практика-сімейна медицина, інфекційні хвороби, неврологія, педіатрія, психіатрія, ортопедія і травматологія, онкологія, офтальмологія, патологічна анатомія, фтизіатрія, хірургія.
ФПМО курує 15 баз стажування лікарів-інтернів та клінічних ординаторів. Усі вони відповідають профілю підготовки фахівців. З 2009 року розпочато підготовку лікарів-спеціалістів на курсах тематичного удосконалення в Регіональному науково – навчальний центрі ендоскопічних методів діагностики та малоінвазивної хірургії.
